Votre agent comptable va vous demander un inventaire avec variation de stock comme document de fin d'année. 
Allez dans Stock/ Inventaire/Edition de l'inventaire. 

Sélectionnez le compte (par défaut le 6011) et cochez "avec variation" avant d'imprimer. 

Dans le document qui s'affichera dans un nouvel onglet ou qui sera téléchargé (selon votre navigateur), vous retrouverez un inventaire qui présentera sur la dernière page le calcul de la variation et son montant.